La compagnie Junex a été créée en mars 1999 par l’association entre M. Jacques Aubert et M. Jean-Yves Lavoie. Ancien haut-dirigeant de Cascades pendant près de vingt ans et ancien président de la Société québécoise d’initiatives pétrolières, Jacques Aubert jumelait sa vaste expertise en matière de financement et de développement d’entreprise à l’expérience et aux compétences de M . Lavoie, ingénieur pétrolier actif dans le domaine de l’exploration des hydrocarbures depuis plus de vingt-ans.

Les premières rondes de financement de l’entreprise ont été faites auprès d’investisseurs privés qui ont fourni les argents nécessaires aux travaux d’exploration ayant menés aux découvertes de gaz naturel de Galt et de saumure de Bécancour. C’est sur la base de ces assises que Junex a été en mesure de procéder, en cours d’année 2001, à un premier appel public à l’épargne lui ayant permis de recueillir les fonds nécessaires à la réalisation de sa stratégie de croissance.

En 2002, Junex est devenue la première entreprise québécoise à mettre en valeur des puits de saumure naturelle. Pendant cette même période, la compagnie a aussi amorcé l’exploitation du premier champ gazier de l’histoire de la Gaspésie.

Les années 2003 à 2005 ont été consacrées à divers travaux d’exploration de base sur l’ensemble des propriétés de la compagnie afin de bâtir des modèles géologiques crédibles qui permettraient ensuite de conclure des partenariats d’exploration. De plus, la compagnie a poursuivi le développement de son activité de production et de vente de saumure naturelle en plus d’acquérir une compagnie de forage qui est devenue une division à part entière. Ces deux activités ont permis à la compagnie de dégager ses premiers bénéfices nets trimestriels en 2005 et de terminer l’année 2006 avec des flux de trésorerie positifs pour son activité d’exploitation.

Depuis 2006, Junex a conclu trois partenariats d’exploration dont deux avec des entreprises américaines et un avec Pétrolia, entreprise dans laquelle Junex détient une participation de 11,5%. Ce dernier partenariat a mené à la découverte de pétrole de Haldimand dans laquelle Junex détient une participation de 45%. Au cours de cette même année 2006, Junex a réussi à dégager des flux de trésorerie positifs à partir de ses activités d'exploitation.

Entre 2007 et 2009, les partenariats d’exploration de Junex pourraient mener à des investissements d’environ 30 millions de dollars dont la grande majorité sera fourni par les partenaires. Les principaux objectifs des ces travaux seront les développements des Shales de l’Utica et de la couche sédimentaire du Trenton/ Black River entre Québec et Montréal ainsi que la mise en valeur de la découverte de pétrole de Haldimand. En parallèle à ces travaux, Junex investira ses capitaux propres d’exploration sur les projets Bécancour/Champlain, Galt et Baie-des-Chaleurs.